Das Gebäude der Alten Nikolaischule gehört zu den wertvollsten Kulturdenkmalen der Leipziger Innenstadt. Im Jahr 1512 nahm hier die von Papst Bonifatius IX. bereits 1395 privilegierte Schola Nicolaitana als erste Bürgerschule der Stadt ihren Schulbetrieb auf. Gottfried Wilhelm Leibniz, Johann Gottfried Seume und Richard Wagner gingen hier zur Schule. Bis zu ihrem Umzug in ein neues Gebäude 1872 befanden sich die Schulstuben im Erd- und zweiten Obergeschoss. Das erste Obergeschoss stand dem Rektor als Wohnung zur Verfügung.
Der heute so einheitlich wirkende Bau ist im Laufe der Jahrhunderte aus drei Vorgängerbauten zusammengewachsen. Eine Initiative der 1991 errichteten Kulturstiftung Leipzig, eine gemeinnützige Stiftung bürgerlichen Rechts, rettete das Gebäude vor dem Verfall. Von der Stadt Leipzig beauftragt und auf der Grundlage einer großzügigen Spende der Partnerstadt Frankfurt a. M. realisierte die Stiftung 1992–1994 im Rahmen eines Erbbaurechtsvertrages die Projektentwicklung, die denkmalgerechte Sanierung und Restauration, sowie die Modernisierung. Nach dieser komplexen Umgestaltung entwickelte sie die Alte Nikolaischule zu einem Haus der Kultur im Zentrum der Stadt.
Im Untergeschoss ist seit 2013 die Dauerausstellung der Kulturstiftung Leipzig „Der junge Richard Wagner 1813 bis 1834″ zu sehen, im Erdgeschoss wurden das Gasthaus Alte Nikolaischule und ein Café eingerichtet, im 1. Obergeschoss erhielt das Antikenmuseum der Universität Leipzig sein Domizil. Die klassizistische Richard-Wagner-Aula von 1827, ein großzügiges Foyer und ein Konferenzraum stehen im 2. Obergeschoss allen Interessenten zur Verfügung. Hier finden Lesungen, Vorträge und Diskussionen, Filmvorführungen, Konzerte und Festveranstaltungen, aber auch Arbeitstreffen und Beratungen statt. An mehreren Stellen im Haus gibt es Wechselausstellungen.
Das ehemalige Auditorium im Erdgeschoss, heute der große Raum des Gasthauses, mit seinen bei der Sanierung entdeckten und freigelegten lateinischen Inschriften von 1597 ist besonders hervorzuheben. Diesen Raum hat die Kulturstiftung dem Universalgelehrten Gottfried Wilhelm Leibniz gewidmet, der 1646 im Roten Kolleg in der Ritterstraße als Sohn eines Leipziger Universitätsprofessors geboren und in der Nikolaikirche getauft wurde und der in den Jahren 1658 bis 1661 die Nikolaischule besuchte.
Oft übersehen wird im Eingangsbereich des Gebäudes die wertvolle Holzbalkendecke von 1597. Ihre Bretter sind abwechselnd mit Marmorierungen und schwarzen Arabeskenmalereien bemalt, wie es für das ausgehende 16. Jahrhundert typisch ist.
Im Bereich des ehemaligen Hinterhofes wurde zur Erschließung des Gebäudes ein moderner, mit Glas überdachter und über alle Geschosse reichender Lichthof von besonderer gestalterischer Qualität entworfen und gestaltet. Mit dem Gesamtprojekt waren die Architektenpartnerschaft Storch und Ehlers aus Hannover und der Leipziger Architekt R. Sudau betraut.